特徴

● 二次元電気泳動画像解析（比較定量）の課題を一挙に解決できる、高精度ソフトウェアです。

● ワークフローガイドに従うだけの簡単操作で、画像の取り込みからレポートの作成まで、誰でも簡単に解析を行うことができます。

● 独自のワークフローとアルゴリズムによりゲル間マッチングの問題を解決し、多くのゲルを短時間で解析することができます。

● 2D DIGE解析に標準対応
    内部標準を活用して濃度補正を行う事により、より正確な分析結果を得る事ができます。

● 多変量解析に標準対応
   タンパク質発現パターンの主成分分析、系統樹作成等、多変量解析によるデータマイニングを行います。多数のゲル画像から、特徴的なスポットを検出する際に威力を発揮します。

 

ワークフロー

　　　　　　　

1：画像解析を行う二次元電気泳動画像データを取り込み ソフトウェアが自動で画像のQCを行います。解析に適した画像には「No Problems found」が表示されます。解析に適さない画像には赤字でエラーメッセージが表示されます。 画像解析から除外したい画像が有る場合は、その画像を選択して、解析対象から除外する事が出来ます。 画像の向きが揃っていない場合は、それぞれの画像を90°回転、上下反転、左右反転、あるいは白黒逆転して画像の向きを揃える事が出来ます。

 

2：基準となる画像（リファレンス画像）を選択 リファレンス画像はソフトウェアが自動で選びます。リファレンス画像は変更する事も可能です。

 

3：解析エリアを指定 リファレンス画像から解析を行う領域を指定します。分子量マーカーの領域や、ゲルの淵部分などの解析に不必要な領域は取り除きます。

 

4：リファレンス画像に対して、その他すべての画像をアライメント アライメントとは、ゲル間でもスポットの位置のズレを修正する作業の事です。二次元電気泳動では、ゲルの歪みの違いなどが原因で、例え同じサンプルを泳動したとしても、泳動間でスポットの出現位置にズレが生じます。このズレを補正する作業がアライメントです。 スポット位置のズレが少ない場合は、フルオート（全自動）でアライメントする事も可能です。また、ランドマーク的なスポットが有りましたら、手動でアライメントを行い、その後、自動補正を行うセミオート（半自動）も可能です。 フルオートでアライメント後に、手動で対応するスポットの補正作業も簡単に行えます。

 

フルオートのアライメント作業の前後の画像です。 ピンクはリファレンス画像、グリーンはその他の画像を表します。2つの重なった部分はブラックにて表示されます。ピンク、もしくは、グリーンで表示された残ったスポットで、対応するスポットが有る場合は、手動で補正します。

 

5：スポットの検出 ソフトウェアが自動でスポット検出を行います。SameSpotsでは、全てのゲル間で、同じフレーム形状でスポットの一括検出が行われます。その為、全てのゲルで、同じフレーム形状の同じ数のスポットが検出されます。また、どれか一枚のゲルで存在するスポットは、他のスポットゲルでも同じフレーム形状で検出されるので、欠損値が生じず、スポットの正確な比較統計解析が可能になります。 不要なスポットの削除は、スポット体積、スポット面積、ゲルエリアの3種類で行う事が出来ます。

 

6：画像データを実験群毎にグループ分け 画像データを実験群毎に選択し、各グループに振り分けます。 左図は、3枚の画像を、3グループに分けています。

 

7：変動しているスポットを絞り込み 各スポットの解析結果が表示されます。このセクションでは、解析結果を確認し、変動しているスポットの絞り込みを行います。スポットの追加、分割、統合などの修正も可能です。 複数枚のグループ間の比較を行う場合は、Anova（一元配置分散分析の危険率（p値））が低い順番に表示されます。また、単数枚の比較を行い場合は、Fold（発現変動率）が高い順番に表示されます。変動しているスポット候補には、Tag（タグ表示）を付けてます。複数のTagを使い分けて、変動条件をグループ化する事も可能です。

 

8：多変量解析結果を確認する。 選択したスポットに対して、多変量解析が行われます。主成分分析（PCA)、クラスター解析、パワー分析（有意差検出力分析）、偽陽性率（FDR）の算出が可能です。

 

選択したスポットのクラスター解析から、類似した変動しているスポット候補が確認します。 最も類似いるスポットになります。

 

選択したスポットのクラスター解析から、類似した変動しているスポット候補が確認します。 2番目に類似いるスポットになります。

 

9：解析結果のレポート出力 変動しているスポット群は、HTML形式のレポートを自動で作成する事が可能です。レポートは、全てのスポット、もしくは、タグで絞り込んだスポットに関して作成できます。

 

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