二次元電気泳動ゲル画像解析ソフトウェア SameSpots

SameSpots

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3025-20

SameSpots

● 二次元電気泳動画像解析(比較定量)の課題を一挙に解決できる、高精度ソフトウェアです。

● ワークフローガイドに従うだけの簡単操作で、画像の取り込みからレポートの作成まで、誰でも簡単に解析を行うことができます。

¥4,400,000

特徴

● 二次元電気泳動画像解析(比較定量)の課題を一挙に解決できる、高精度ソフトウェアです。

● ワークフローガイドに従うだけの簡単操作で、画像の取り込みからレポートの作成まで、誰でも簡単に解析を行うことができます。

● 独自のワークフローとアルゴリズムによりゲル間マッチングの問題を解決し、多くのゲルを短時間で解析することができます。

● 2D DIGE解析に標準対応
    内部標準を活用して濃度補正を行う事により、より正確な分析結果を得る事ができます。

● 多変量解析に標準対応
   タンパク質発現パターンの主成分分析、系統樹作成等、多変量解析によるデータマイニングを行います。多数のゲル画像から、特徴的なスポットを検出する際に威力を発揮します。


 

ワークフロー

       
1:画像解析を行う二次元電気泳動画像データを取り込み

ソフトウェアが自動で画像のQCを行います。解析に適した画像には「No Problems found」が表示されます。解析に適さない画像には赤字でエラーメッセージが表示されます。

画像解析から除外したい画像が有る場合は、その画像を選択して、解析対象から除外する事が出来ます。

画像の向きが揃っていない場合は、それぞれの画像を90°回転、上下反転、左右反転、あるいは白黒逆転して画像の向きを揃える事が出来ます。
 


 
2:基準となる画像(リファレンス画像)を選択

リファレンス画像はソフトウェアが自動で選びます。リファレンス画像は変更する事も可能です。
 


 

 
3:解析エリアを指定

リファレンス画像から解析を行う領域を指定します。分子量マーカーの領域や、ゲルの淵部分などの解析に不必要な領域は取り除きます。

 


 
4:リファレンス画像に対して、その他すべての画像をアライメント

アライメントとは、ゲル間でもスポットの位置のズレを修正する作業の事です。二次元電気泳動では、ゲルの歪みの違いなどが原因で、例え同じサンプルを泳動したとしても、泳動間でスポットの出現位置にズレが生じます。このズレを補正する作業がアライメントです。

スポット位置のズレが少ない場合は、フルオート(全自動)でアライメントする事も可能です。また、ランドマーク的なスポットが有りましたら、手動でアライメントを行い、その後、自動補正を行うセミオート(半自動)も可能です。
フルオートでアライメント後に、手動で対応するスポットの補正作業も簡単に行えます。
 
 
フルオートのアライメント作業の前後の画像です。
ピンクはリファレンス画像、グリーンはその他の画像を表します。2つの重なった部分はブラックにて表示されます。ピンク、もしくは、グリーンで表示された残ったスポットで、対応するスポットが有る場合は、手動で補正します。
 


 

 
5:スポットの検出

ソフトウェアが自動でスポット検出を行います。SameSpotsでは、全てのゲル間で、同じフレーム形状でスポットの一括検出が行われます。その為、全てのゲルで、同じフレーム形状の同じ数のスポットが検出されます。また、どれか一枚のゲルで存在するスポットは、他のスポットゲルでも同じフレーム形状で検出されるので、欠損値が生じず、スポットの正確な比較統計解析が可能になります。

不要なスポットの削除は、スポット体積、スポット面積、ゲルエリアの3種類で行う事が出来ます。

 


 
6:画像データを実験群毎にグループ分け

画像データを実験群毎に選択し、各グループに振り分けます。
左図は、3枚の画像を、3グループに分けています。

 


 
7:変動しているスポットを絞り込み

各スポットの解析結果が表示されます。このセクションでは、解析結果を確認し、変動しているスポットの絞り込みを行います。スポットの追加、分割、統合などの修正も可能です。

複数枚のグループ間の比較を行う場合は、Anova(一元配置分散分析の危険率(p値))が低い順番に表示されます。また、単数枚の比較を行い場合は、Fold(発現変動率)が高い順番に表示されます。変動しているスポット候補には、Tag(タグ表示)を付けてます。複数のTagを使い分けて、変動条件をグループ化する事も可能です。
 


 

 
8:多変量解析結果を確認する。

選択したスポットに対して、多変量解析が行われます。主成分分析(PCA)、クラスター解析、パワー分析(有意差検出力分析)、偽陽性率(FDR)の算出が可能です。

 


 
選択したスポットのクラスター解析から、類似した変動しているスポット候補が確認します。
最も類似いるスポットになります。
 


 
選択したスポットのクラスター解析から、類似した変動しているスポット候補が確認します。
2番目に類似いるスポットになります。
 


 

 
9:解析結果のレポート出力

変動しているスポット群は、HTML形式のレポートを自動で作成する事が可能です。レポートは、全てのスポット、もしくは、タグで絞り込んだスポットに関して作成できます。

SameSpotsには、二次元電気泳動画像解析ソフトウェア:ProgenesisPG240が付属します。SameSpotsの解析結果を、ProgenesisPG240にて確認する事も可能です。

 
 

商品詳細

商品番号
商品名
数量
単価
3025-20
SameSpots
1
¥4,400,000
3025-02
SameSpots用パソコン(※ )
¥350,000
 

※ パソコンのスペックはエントリークラスになります。ミドルクラス、ハイクラスのパソコンはご相談下さい。